محمد ملکی در زمانه‌ای که حتی مهدی بازرگان موافق بستن دانشگاه‌ها بود، صریحاً مخالفت خود را نسبت به این تعطیلی نزد آیت‌الله خمینی ابراز کرد. این موضوع سبب شد تعطیلی دانشگاه‌ها نه برای همیشه، اما برای چند ماه به تأخیر بیفتد. مخالفت ملکی با تعطیلی دانشگاه‌ها منجر به بازداشت و شکنجه و در نهایت محاکمه‌ی او شد.